Anwendungssoftware

Wissenschaftliche Software
Paket Kommentar
BEAST Biologie: Werkzeug für Bayes'sche MCMC-Analyse von Molekularsequenzen
Biopython Biologie: Werkzeug für biologische Berechnungen
CROP Biologie: Werkzeug für metagenomische Studien
CP2K Chemie/Physik: Molekular-Dynamik-Program
Desmond Chemie/Physik: Molekular-Dynamik-Program
FreeSurfer Neurowissenschaften: Sammlung von Analysewerkzeuge für FMRI- und MRI-Data
FSL Neurowissenschaften: Analysewerkzeug für FMRI-, MRI- und DTI-Data
GAUSSIAN Chemie: Werkzeug zur Modellierung electronischer Strukturen
Gauss View Chemie: Vorbereitung des Inputs für Gaussian und Visualisierung der Ergebnisse
GROMACS Chemie: "GROMACS is a versatile package to perform molecular dynamics"
Gnuplot Allgemein: Werkzeug für die Erstellung von Graphen
LAMMPS Chemie/Physik: Molekular-Dynamik-Program
MATLAB Allgemein: Umgebung für numerisches Rechnen
MIRA Biologie: Sequence-Assembly-Software
Molden Chemie: Vorbereitung des Inputs für QM Pakete und Visualisierung der Ergebnisse
mothur Biologie: Moleküldatenanalyse für die Mikrobialökologie
MrBayes Biologie: Bayessche-Inferenz-Software für Phylogentik
NAMD Chemie/Physik: Paralleles Molekular-Dynamik-Program
NBO/NBOView Chemie: Analyse und Visualisierung von Bindungen
Netlogo Allgemein: Simulationstool
Octave Allgemein: Sprache zum nummerischen Lösen mathematischer Probleme
OOMMF Physik: Simulationsprogramm für Mikromagnetismus
ORCA Chemie: Allgemeines Tool für Quantumchemie
PHENIX Chemie/Physik: Software-Sammlung für die automatisierte Bestimmung makromolekularer Strukturen mittels Röntgen-Kristallographie und anderer Methoden
Quantum Espresso Chemie/Physik: Code für Berechnung der Elektronstuktur
R Statistik: Programmier- und Software-Umgebung für statistische Berechnnungen und Graphiken
RAxML Biologie: Sequentielle und parallele Maximum-Likelihood-basierte Inferenz großer phylogenetischer Bäume
SymeTREE Biologie: Software für phylogenetische Analyse
Turbomole Chemie: Berechnung molekularer Wellenfunktionen
VASP Chemie/Physik: Programm zur Durchführung ab initio quantenmechanische Molekulardynamik-Simulationen
Wien2k Chemie/Physik: Programm für Elektronenstrukturberechnungen via DFT
Tools
Paket Kommentare
7zip Komprimierungsprogramm, das viele Format bearbeitet
cvs Versionsverwaltungssystem
git Versionsverwaltungssystem
svn Versionsverwaltungssystem