BEAST

BEAST ist ein Programm zur Analyse molekularer Sequenzen mit Hilfe von Baysian-Markov-Kette-Monte-Carlo-Methoden. Es kann zusammen mit der BEAGLE-Bibliothek verwendet werden, die optimierte Routinen für Bayes'sche und Maximum-Likelihood-Berechnungen enthält und dazu eine GPU verwenden kann.

Falls eine GPU benötigt wird, muss diese als generische Ressource durch die Option --gres angefordert werden, wie im folgenden Beispiel gezeigt:

#SBATCH --job-name=beast_beagle
#SBATCH --mail-user=your.name@fu-berlin.de
#SBATCH --mail-type=end

#SBATCH --partition=gpu
#SBATCH --gres=gpu:1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --mem=5000
#SBATCH --time=1-00:00:00

module load beagle beast

cd /scratch/yourname/beast/

beast_beagle -overwrite -beagle_GPU data.xml > output.txt

Hier ist die generische Ressource gpu und die Anzahl der Ressourcen 1. Man beachte, dass es auch notwendig ist, die Beast-Option -beast_GPU anzugeben.