MrBayes

Einleitung

MrBayes ist ein Programm zur Berechnung Bayesscher Inferenz der Phylogenie.

MrBayes parallel auf Soroban starten

Um MrBayes parallel laufen zu lassen, muss die parallele Version des Programms mit mpirun gestartet werden. Die Anzahl der Tasks, die mit --ntasks angefordert wurde, wird als die Anzahl der parallelen Prozessen, die von mpirun durch die Option -np gestartet werden sollen, durch die Variable $SLURM_NTASKS festgelegt.

#!/bin/bash

#SBATCH --job-name=mrbayes_test
#SBATCH --mail-user=your.name@fu-berlin.de
#SBATCH --mail-type=end

#SBATCH --ntasks=4
#SBATCH --mem-per-cpu=1000

module add mrbayes
mpirun -np $SLURM_NTASKS mb-parallel -i test.nex > test.out