| Wissenschaftliche Software |
| Paket |
Kommentar |
| BEAST |
Biologie: Werkzeug für Bayes'sche MCMC-Analyse von Molekularsequenzen |
| Biopython |
Biologie: Werkzeug für biologische Berechnungen |
| CROP |
Biologie: Werkzeug für metagenomische Studien |
| CP2K |
Chemie/Physik: Molekular-Dynamik-Program |
| Desmond |
Chemie/Physik: Molekular-Dynamik-Program |
| FreeSurfer |
Neurowissenschaften: Sammlung von Analysewerkzeuge für FMRI- und MRI-Data |
| FSL |
Neurowissenschaften: Analysewerkzeug für FMRI-, MRI- und DTI-Data |
| GAUSSIAN |
Chemie: Werkzeug zur Modellierung electronischer Strukturen |
| Gauss View |
Chemie: Vorbereitung des Inputs für Gaussian und Visualisierung der Ergebnisse |
| GROMACS |
Chemie: "GROMACS is a versatile package to perform molecular dynamics" |
| Gnuplot |
Allgemein: Werkzeug für die Erstellung von Graphen |
| LAMMPS |
Chemie/Physik: Molekular-Dynamik-Program |
| MATLAB |
Allgemein: Umgebung für numerisches Rechnen |
| MIRA |
Biologie: Sequence-Assembly-Software |
| Molden |
Chemie: Vorbereitung des Inputs für QM Pakete und Visualisierung der Ergebnisse |
| mothur |
Biologie: Moleküldatenanalyse für die Mikrobialökologie |
| MrBayes |
Biologie: Bayessche-Inferenz-Software für Phylogentik |
| NAMD |
Chemie/Physik: Paralleles Molekular-Dynamik-Program |
| NBO/NBOView |
Chemie: Analyse und Visualisierung von Bindungen |
| Netlogo |
Allgemein: Simulationstool |
| Octave |
Allgemein: Sprache zum nummerischen Lösen mathematischer Probleme |
| OOMMF |
Physik: Simulationsprogramm für Mikromagnetismus |
| ORCA |
Chemie: Allgemeines Tool für Quantumchemie |
| PHENIX |
Chemie/Physik: Software-Sammlung für die automatisierte Bestimmung makromolekularer Strukturen mittels Röntgen-Kristallographie und anderer Methoden |
| Quantum Espresso |
Chemie/Physik: Code für Berechnung der Elektronstuktur |
| R |
Statistik: Programmier- und Software-Umgebung für statistische Berechnnungen und Graphiken |
| RAxML |
Biologie: Sequentielle und parallele Maximum-Likelihood-basierte Inferenz großer phylogenetischer Bäume |
| SymeTREE |
Biologie: Software für phylogenetische Analyse |
| Turbomole |
Chemie: Berechnung molekularer Wellenfunktionen |
| VASP |
Chemie/Physik: Programm zur Durchführung ab initio quantenmechanische Molekulardynamik-Simulationen |
| Wien2k |
Chemie/Physik: Programm für Elektronenstrukturberechnungen via DFT |
| Tools |
| Paket |
Kommentare |
| 7zip |
Komprimierungsprogramm, das viele Format bearbeitet |
| cvs |
Versionsverwaltungssystem |
| git |
Versionsverwaltungssystem |
| svn |
Versionsverwaltungssystem |
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