Wissenschaftliche Software |
Paket |
Kommentar |
BEAST |
Biologie: Werkzeug für Bayes'sche MCMC-Analyse von Molekularsequenzen |
Biopython |
Biologie: Werkzeug für biologische Berechnungen |
CROP |
Biologie: Werkzeug für metagenomische Studien |
CP2K |
Chemie/Physik: Molekular-Dynamik-Program |
Desmond |
Chemie/Physik: Molekular-Dynamik-Program |
FreeSurfer |
Neurowissenschaften: Sammlung von Analysewerkzeuge für FMRI- und MRI-Data |
FSL |
Neurowissenschaften: Analysewerkzeug für FMRI-, MRI- und DTI-Data |
GAUSSIAN |
Chemie: Werkzeug zur Modellierung electronischer Strukturen |
Gauss View |
Chemie: Vorbereitung des Inputs für Gaussian und Visualisierung der Ergebnisse |
GROMACS |
Chemie: "GROMACS is a versatile package to perform molecular dynamics" |
Gnuplot |
Allgemein: Werkzeug für die Erstellung von Graphen |
LAMMPS |
Chemie/Physik: Molekular-Dynamik-Program |
MATLAB |
Allgemein: Umgebung für numerisches Rechnen |
MIRA |
Biologie: Sequence-Assembly-Software |
Molden |
Chemie: Vorbereitung des Inputs für QM Pakete und Visualisierung der Ergebnisse |
mothur |
Biologie: Moleküldatenanalyse für die Mikrobialökologie |
MrBayes |
Biologie: Bayessche-Inferenz-Software für Phylogentik |
NAMD |
Chemie/Physik: Paralleles Molekular-Dynamik-Program |
NBO/NBOView |
Chemie: Analyse und Visualisierung von Bindungen |
Netlogo |
Allgemein: Simulationstool |
Octave |
Allgemein: Sprache zum nummerischen Lösen mathematischer Probleme |
OOMMF |
Physik: Simulationsprogramm für Mikromagnetismus |
ORCA |
Chemie: Allgemeines Tool für Quantumchemie |
PHENIX |
Chemie/Physik: Software-Sammlung für die automatisierte Bestimmung makromolekularer Strukturen mittels Röntgen-Kristallographie und anderer Methoden |
Quantum Espresso |
Chemie/Physik: Code für Berechnung der Elektronstuktur |
R |
Statistik: Programmier- und Software-Umgebung für statistische Berechnnungen und Graphiken |
RAxML |
Biologie: Sequentielle und parallele Maximum-Likelihood-basierte Inferenz großer phylogenetischer Bäume |
SymeTREE |
Biologie: Software für phylogenetische Analyse |
Turbomole |
Chemie: Berechnung molekularer Wellenfunktionen |
VASP |
Chemie/Physik: Programm zur Durchführung ab initio quantenmechanische Molekulardynamik-Simulationen |
Wien2k |
Chemie/Physik: Programm für Elektronenstrukturberechnungen via DFT |
Tools |
Paket |
Kommentare |
7zip |
Komprimierungsprogramm, das viele Format bearbeitet |
cvs |
Versionsverwaltungssystem |
git |
Versionsverwaltungssystem |
svn |
Versionsverwaltungssystem |